Mac OS X 10.8からMac OS X 10.11（El Capitan）にアップグレードしまして、良いこともあったのですが、動作が重くなりレインボーカーソルがよく出るようになってしまったのが困りものでした。
マシンはmac mini(late2012)でcore i7・メモリは16GBに増設済み。したがってたいていの作業には十分なスペックのはずです。
この重さは「クリーンインストールしないと解決しない」という情報も多く絶望しかかったんですけど、それをせずとも２つの対処法で現在は軽快になりました。

（以下、Time Machineなどで元に戻せるようバックアップを取ってから行うことをお勧めします）

その1：　OSをEl Capitanの最新版にアップデート

2016年9月時点ではEl Capitan最新版は下記のようです。後継のmacOS Sierraがリリースされたので、リンク切れするかもしれません。
ダウンロード – OS X El Capitan アップデート v10.11.6

このEl Capitanのアップデートだけでは完全に不安定さが解決しなかったので、以下の「その２」を実施。

その２：　無料メンテナンスソフト「OnyX」で最適化

昔からある頼れる無料メンテナンスソフト、OnyX。これがEl capitanに対応したそうなので、公式サイトからダウンロード。
http://www.titanium.free.fr/
細かな設定ができるので使い方がちょっと難しいのですが、「不具合は全部リセットしてくれ！」という気持ちで「Automation」機能で項目をフルチェックし「Execute（実行）」。完了するまでけっこう時間がかかります。

たったこれだけで、あれほど色々と設定を変えたりしても改善しなかった不安定さや重さが解消し、OS X 10.8(Mountain Lion)時代と変わらない体感的な軽さがよみがえりました。

全ての方に有効というわけではないと思いますし、もしかしたら定番の解決法かもしれませんが、同じ事象でお悩みの方はご検討ください。

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